Prema Pravilniku o unutrašnjoj organizaciji i sistematizaciji Agencija se sastoji od četiri osnovne organizacione jedinice, od kojih tri Sektora (osim kabineta direktora) imaju po dva Odsjeka, kako slijedi:

- Kabinet direktora;
- Sektor za inspekcijski nadzor, prigovore i Glavni registar;
- Sektor za međunarodnu saradnju i odnose sa javnošću i
- Sektor za administraciju.

Predviđeni broj izvršilaca je 45, trenutna popunjenost je 26 izvršilaca.

Pravilnik o unutrašnjoj organizaciji Agencije za zaštitu ličnih podataka u Bosni i Hercegovini PDF

Organigram Agencije PDF